Das MSC-Siegel konzentriert sich fast ausschließlich auf ökologische Aspekte.
Auf den europäischen Thunfischfangflotten, die für den europäischen Markt fischen, herrschen laut einer Untersuchung der Blue Marine Foundation teils gravierende soziale Missstände. Viele der meist aus Westafrika stammenden Besatzungsmitglieder arbeiten unter harten Bedingungen für sehr niedrige Löhne, oft sogar unterhalb des von der Internationalen Arbeitsorganisation (ILO) festgelegten Mindestlohns für Seeleute. Berichtet wird von Diskriminierung gegenüber schwarzen Crewmitgliedern, schlechter Verpflegung, unzureichender medizinischer Versorgung, fehlender Hygiene, überlangen Arbeitszeiten und intransparenten Lohnabrechnungen. Verspätete oder ausbleibende Zahlungen sind keine Seltenheit, und Versuche, sich zu wehren – wie die Streiks 2022 und 2023 – wurden mit Repressionen wie Geldstrafen oder Internetsperren an Board beantwortet. Während die Fangunternehmen mit Umsätzen in Millionenhöhe große Profite erzielen, bleiben die Arbeits- und Lebensbedingungen der Crew damit weit hinter internationalen Standards zurück.
Das Outlaw Ocean Project hat dokumentiert, dass in zehn MSC-zertifizierten Betrieben in China Zwangsarbeit von Uigur:innen stattgefunden haben soll.